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Danilo Mazzoleni è nato a Udine, ma risiede da oltre un cinquantennio a Roma. Laureato con lode in Lettere nel 1972 (tesi in Archeologia cristiana con relatore Pasquale Testini), si diplomò con lode nel 1975 alla Scuola Nazionale di Archeologia e ottenne nel 1982 il dottorato in Archeologia Cristiana “summa cum laude” presso il Pont. Istituto di Archeologia Cristiana. Fu prima esercitatore, poi assegnista ministeriale, infine ricercatore presso l’Università di Roma “La Sapienza” e dal 1987 professore associato di Archeologia cristiana alla Facoltà di Lettere dell’Università degli Studi “La Sapienza” e poi di Roma Tre. Docente di Epigrafia classica e cristiana alla Scuola di specializzazione del Pontificio Istituto di Archeologia Cristiana e di Archeologia Cristiana presso la Facoltà di S. Teologia della Pontificia Università Lateranense, è stato membro della Pontificia Commissione di Archeologia Sacra ed è socio effettivo e membro del Consiglio direttivo della Pontificia Accademia Romana di Archeologia. Dal 1° agosto 2004 è stato per un triennio Rettore del Pontificio Istituto di Archeologia Cristiana, Presidente del Comitato Promotore Permanente per i Congressi Internazionali di Archeologia Cristiana e Direttore della “Rivista di Archeologia Cristiana”. Dal gennaio 2009 fa parte dello staff di consulenza tecnico-scientifica della “Fondazione Aquileia”.
Ha partecipato a campagne di scavi condotte nell'area di S. Ippolito all'Isola Sacra (Fiumicino-Roma), nella pieve di S. Giovanni Battista a Sari d'Orcino in Corsica, sul Monte Nebo, a Ayoun Mousa e a Umm al-Rasas in Giordania.
I suoi numerosi contributi scientifici riguardano soprattutto il settore epigrafico ed archeologico cristiano. È incaricato di portare a termine la monumentale raccolta di tutte le iscrizioni paleocristiane di Roma (“Inscriptiones Christianae Urbis Romae”), di cui ha già curato l’edizione di due volumi. Altri suoi studi monografici riguardano le epigrafi della basilica di S. Ippolito all'Isola Sacra, le iscrizioni cristiane del territorio di Civitavecchia e la documentazione epigrafica delle catacombe cristiane di Roma, i riflessi archeologici ed epigrafici del culto dei martiri nei primi secoli cristiani, le fonti propedeutiche allo studio dell’archeologia cristiana. È apparsa nel 2002 presso la Lateran University Press una raccolta di saggi epigrafici su vari temi inerenti questa disciplina, editi nell’ultimo ventennio, con il titolo di
Epigrafi del mondo cristiano antico.
Molti suoi articoli scientifici sono apparsi sugli atti di congressi nazionali ed internazionali di archeologia cristiana, di convegni sul Paleocristiano in varie zone del Lazio, sulle Settimane di Studi aquileiesi, in miscellanee dedicate a molti studiosi, su diversi periodici specialistici (Rivista di Archeologia Cristiana, Rendiconti della Pontificia Accademia Romana di Archeologia, Vetera Christianorum, Studi Romani, Studi e Materiali di Storia delle Religioni, Rivista di Studi Liguri, Romanobarbarica, Les Dossiers de l'Archéologie, Theotokos, Rivista Teologica di Lugano, Campania Sacra, Archivo de Preistoria Levantina, Acta Musei Varnaensis).
Gli argomenti trattati nelle ricerche scientifiche spaziano dalle catacombe ebraiche di Roma e d'Italia all'epigrafia di Aquileia e della
Venetia et Histria, dalle iscrizioni della Bulgaria ai testi relativi ai rapporti fra vescovi e cattedrali in Occidente, dagli epitaffi di Trento alle dediche musive pavimentali, dall'onomastica barbarica nella
X regio alle relazioni fra patristica ed epigrafia, dall’epigrafia martiriale a quella di Padova e di Napoli. Fra le scoperte più significative effettuate in anni recenti, si segnala quella di un prezioso graffito invocante S. Panfilo nell'omonima catacomba romana, che ha consentito finalmente di chiarire l'identità di un martire, da decenni solo ipotizzata (il relativo articolo è apparso sui
Rendiconti della Pontificia Accademia Romana di Archeologia, 1990-1991, usciti nel 1994).
Ha preso parte a numerosi congressi nazionali ed internazionali di archeologia cristiana in Italia e all’estero e, negli ultimi anni, a convegni promossi dal Museo Archeologico di Varna, in Bulgaria.
In diverse occasioni ha collaborato, inoltre, a enciclopedie italiane e straniere del settore antichistico (Dizionario Patristico e di Antichità Cristiane, Enciclopedia Archeologica, Enciclopedia dell'Arte Antica, Classica e Orientale, Lexicon der Theologie und Kirche, Encyclopedia of early christian Art and Archaeology, Temi di Iconografia Cristiana, Prosopografia di Archeologia Cristiana). Per il manuale di epigrafia romana della Oxford University Press ha scritto il capitolo relativo all’epigrafia cristiana.
Per oltre trent’anni ha svolto attività pubblicistica per la terza pagina di quotidiani (fra cui l'Osservatore Romano, dove sono apparsi più di seicentocinquanta suoi articoli) e per riviste archeologiche a carattere divulgativo ("Archeo", fondata da Sabatino Moscati, di cui fa parte fin dal primo numero anche del comitato scientifico).
Ha vinto tre premi della cultura della Presidenza del Consiglio dei Ministri italiana per la sezione saggistica (l’ultimo nel 2004).
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